选择优良的种质
无论是科学研究还是商业化脱毒快繁，优良的种质是成功的第一步。通常选择具有明确的种性特征，种质纯度高，无杂合现象的植株作为取材植株。同时还应该观察其遗传稳定性、花色、果型、长势等性状表现。
选择健壮的植株
应在长势健壮且无病虫害的植株上选择正常发育的器官或者组织作为外植体材料。这些器官或者组织的代谢旺盛，再生能力强，接种后更加容易培养成功。
选择合适的部位
虽然根据细胞全能性理论上来讲任何组织或者器官都有潜能发育成一个完整的植株，但是从实际操作的过程中会发现不同种类的植株以及同一种类不同取材部位的器官或组织对诱导条件的反应是有很大差异的。如百合科植物风信子、虎眼万年青等比较容易形成再生小植株，而郁金香就比较困难。百合鳞茎的鳞片外层比内层的再生能力强，下段比中、上段再生能力强。因此选取材料时要对所培养植物各部位的诱导及分化能力进行比较，从中筛选出合适的、最易表达全能性的部位作为为植体。
• 茎尖部位：茎尖不仅生长速度快，繁殖率高，不容易发生变异，而且茎尖培养是获得脱毒苗木的有效途径。因此茎尖是植物组织培养中最常用的外植体。
• 节间部位：大部分果树和花卉等植物，新梢的节间部是组织培养的较好材料。新梢节间部位不仅消毒容易，而且脱分化和再分化能力较强，因此是常用组织培养材料。
• 叶和叶柄：叶片和叶柄取材容易，新出的叶片杂菌较少，实验操作方便，是植物组织培养中常用的材料。尤其是近年在植物的遗传转化中，以叶片为试验材料的报道很多。
• 鳞片：水仙、百合、葱、蒜、风信子等鳞茎类植物常以鳞片为材料。
取材季节
对于大多数植物来讲，应在其生长季节开始取材，在生长末期及休眠期应该采取措施打破休眠后取材，更容易成功。如：花药培养应在花粉发育到单核靠边期取材，这时比较容易形成愈伤组织。百合在春夏季采集的鳞茎、片，在不加生长素的培养基中，可自由地生长、分化；而其他季节则不能。叶子花的腋芽培养，如果在1月至翌年2月间采集，则腋芽萌发非常迟缓；而在3-8月间采集，萌发的数目多，萌发速度快。
材料的生理状态和发育年龄
一般情况下认为幼年组织比老年组织具有较高的形态发生能力。随着组织年龄的增加，器官的再生能力会逐渐减弱甚至完全消失。
合适的大小
培养材料的大小根据植物种类、器官和目的来确定。通常情况下，快速繁殖时叶片、花瓣等面积为5mm2，其他培养材料的大小为0.5~1.0cm。如果是胚胎培养或脱毒培养的材料，则应更小。材料太大，不易彻底消毒，污染率高；材料太小，多形成愈伤组织，甚至难以成活。
